פרופ' שוורץ בחר להתמקד בתקופות שונות של מחשבת ישראל, החל בימי הביניים וכלה במחשבה יהודית אקטואלית. הוא הציג תאוריות שונות, שהיו פרובוקטיביות בזמנן, וכיום יש להן ממשיכים רבים באקדמיה. למשל: פרופ' שוורץ טען שאת משנת הרב קוק יש להבין לאור הגות תלמידיו הקרובים (הרב הנזיר, הרב חרל"פ, הרב צבי יהודה קוק), לאמור כחוג רעיוני. טענה זו התמודדה עם גישת אנשי האוניברסיטה העברית (הפרופסורים רביצקי, שבייד ואיש שלום), שטענו כי יש לחצוץ בין הראי"ה קוק לבין ממשיכיו. כיום נכתבים מחקרים רבים ברוח זו. דוגמה נוספת היא כתיבה מחודשת של הגות ימי הביניים.
שוורץ פרסם שורה של ספרים, שכל אחד בוחן זווית ראייה מסויימת של ההגות היהודית בימי הביניים. הספרים הללו חותרים לתפיסה פוסט-מודרניסטית של כתיבת ההיסטוריה.
כיום עוסק שוורץ בחקר ההגות היהודית בביזנטיון בשלהי ימי הביניים ובמחקר פנומנולוגי של ההגות הציונית הדתית לגווניה.
